Na agricultura orgânica o manejo do solo, utiliza multas práticas adotadas na agricultura convencional, apresentando uma grande diferença em relação a esta, devido à consciência de que se trabalha em condições tropicais de solo e clima, sendo aconselhado o uso preferencial de implementos escarificadores e subsoladores, práticas de cultivo mínimo e plantio direto. Torna-se imprescindível o manejo da cobertura do solo o maior tempo possível, evitando sua exposição à luz solar e chuvas fortes, retardando o processo de degradação do solo. 

O café orgânico é produzido sem a utilização de agrotóxicos e adubos químicos de alta solubilidade, que são substituídos por subprodutos da reciclagem da matéria orgânica vegetal e animal. Esses insumos possuem diferentes 

composições como biofertilizantes que funcionam como fertiprotetores, as caldas bordalesa e sulfocálcica como fitoprotetores, compostos orgânicos, rochas moídas e/ou parcialmente solubilizadas, cinzas, tortas e farinhas, sendo utilizados de formas diversas pelos produtores, incrementando as propriedades físicas, químicas e biológicas do solo. Vale ressaltar que, na agricultura orgânica, não existem fórmulas milagrosas, e sim tecnologias adaptadas à realidade edafoclimática de cada região produtora.